Die Kapelle Braunau stammt aus dem 12./14. Jahrhundert und ist, wie Historiker annehmen, wohl eine Stiftung der damals bedeutenden Komturei Tobel. Nach der Reformation verblieb die Kapelle im Besitze der Katholiken, während die Bewohner von Braunau zum evangelischen Glauben übertraten. Sie hatten auf dem Friedhof der Kapelle lediglich das Begräbnisrecht. 1737 teilten die beiden Konfessionen den Friedhof in zwei gesonderte Teile auf. Mit dem Bau der evangelischen Kirche im Jahre 1807 mit eigenem Friedhof ging der Gottesacker bei der Kapelle ganz in katholische Hände über.
K. Kuhn vermutet in seiner Geschichte der katholischen Pfarrgemeinden «Thurgovia Sacra», das Kloster St. Gallen oder Private hätten in Braunau die erste Kapelle errichtet.